olomol

Mechanismy

• Volné elektronové páry a nepárové elektrony, spočítané z chemie; atom bez vazeb jako Lewisův symbol, až se čtyřmi nepárovými elektrony.
• Zahnuté šipky a půlšipky přichycené k atomům, vazbám a párům; půlšipka puštěná mezi dva atomy vytvoří novou vazbu (zahnutá šipka také, se Shiftem), takže se radikály spojí jako v učebnici. Když se kresba pohne, šipky jdou s ní.
• Orbitaly p, hybridní a s s fázemi a čarami překryvu, třeba HOMO a LUMO Dielsovy–Alderovy reakce.
• Rezonanční struktury, tranzitní stavy, závorky, náboje i δ+ a δ−; rovnováha posunutá na jednu stranu, přeškrtnutá šipka pro reakci, která neproběhne.

Konformace

• Židličky, které znají svou stereochemii: ze šablony i nakreslená ručně se židlička čte jako stereoizomer, který ukazuje.
• Plochý kruh nebo Haworthova projekce se jedním kliknutím změní na židličku, každá skupina axiálně nebo ekvatoriálně podle svého klínu; překlopení z ní udělá druhou židličku a pro podklady nakreslí obě s ⇌; otočení židličky ji pootočí o třetinu otáčky a skupiny zůstanou axiální či ekvatoriální.
• Newmanovy projekce jsou skutečné molekuly: eliminaci E2 nakreslíte šipkami rovnou v projekci, torzní úhel nastavíte v panelu.

Chemie, kterou zná

• Sumární vzorec, molární a přesná hmotnost, elementární analýza, ionty pro HRMS.
• R/S a E/Z, číslování podle IUPAC i s důvody, SMILES, InChI a odkaz na PubChem.
• Každé překreslení, překlopení a pohled ve 3D kontroluje RDKit, takže se molekula ani její R/S za vašimi zády nezmění; když ji změní vaše úprava, program upozorní a označí atom, který nesedí.

Kreslení

• Vazby včetně klínů, šrafovaných klínů, vlnovek, koordinačních a vodíkových vazeb; řetězce a kruhy.
• Zkratky (Ph, Boc, OMe), které jdou rozkreslit a zase zkrátit; izotopy (13C, D).
• Texty se vzorci (H₂SO₄, Fe³⁺); reakční, rovnovážné, rezonanční a retrosyntetické šipky s podmínkami a činidly nad a pod šipkou.

Šablony a struktury z názvů

• Kruhy, funkční skupiny, židličkové konformace, Newmanovy, Fischerovy a Haworthovy projekce, komplexy, aminokyseliny, cukry, nukleové báze, činidla a rozpouštědla.
• Hledání podle části: ?ester najde šablony s esterem.
• Struktura z názvu, SMILES nebo InChI (názvy přes PubChem).

Rozvržení a 3D

• Překreslit nabídne několik úhledných kreseb na výběr, celé molekuly i jen vybrané části.
• Otočit ve 3D: molekulu nebo komplex otočíte myší a nakreslíte tak, jak je vidíte, s klíny, které zachovají R/S, E/Z i Λ/Δ; nakreslená konformace zůstane (axiální skupina axiální) a tyčinkový model ukáže skutečný tvar se všemi vodíky.
• Komplexy kovů počítá silové pole: porfyriny jsou rovné, chelaty sedí, kde mají, a Λ a Δ program pojmenuje.
• Zarovnání, rovnoměrné rozmístění, mřížka a reakční schéma do řádku.

Soubory

• Ukládá KET (otevře ho i Ketcher); exportuje molfile, SDF, SMILES, InChI a XYZ (3D), obrázky SVG a PNG.
• Obrázek do Wordu, PowerPointu a Google Docs přes Ctrl+Shift+C; odkaz, který nese celou kresbu.

Mechanisms

• Lone pairs and unpaired electrons, counted from the chemistry; an atom without bonds as a Lewis symbol, with up to four unpaired electrons.
• Curved arrows and fishhooks tied to atoms, bonds and lone pairs; a fishhook dropped between two atoms makes the new bond (a curved arrow too, with Shift), so radicals combine as in textbooks. When the drawing moves, the arrows go with it.
• p, hybrid and s orbitals with their phases and overlap lines, such as the HOMO and LUMO of a Diels–Alder reaction.
• Resonance structures, transition states, brackets, charges and δ+ and δ−; an equilibrium lying to one side, a crossed arrow for a reaction that doesn't go.

Conformations

• Chairs that know their stereochemistry: from a template or drawn by hand, a chair is read as the stereoisomer it shows.
• A flat ring or a Haworth projection becomes a chair with one click, each group axial or equatorial as its wedge says; the ring flip makes it the other chair and, for a handout, draws both with ⇌; Turn a chair turns it a third of the way round, the groups staying axial or equatorial.
• Newman projections are real molecules: draw an E2 with curved arrows right in the projection, set the dihedral in the panel.

Chemistry it knows

• Molecular formula, molar and exact mass, elemental analysis, ions for HRMS.
• R/S and E/Z, IUPAC numbering with the reasons, SMILES, InChI and a PubChem link.
• Every redrawing, flip and 3D view is checked by RDKit, so the molecule and its R/S never change behind your back; when an edit of yours changes it, it warns you and marks the atom that doesn't fit.

Drawing

• Bonds including wedges, hashed wedges, wavy, dative and hydrogen bonds; chains and rings.
• Abbreviations (Ph, Boc, OMe) that can be drawn out and abbreviated again; isotopes (13C, D).
• Texts with formulas (H₂SO₄, Fe³⁺); reaction, equilibrium, resonance and retrosynthesis arrows with conditions and reagents above and below.

Templates and structures from names

• Rings, functional groups, chairs, Newman, Fischer and Haworth projections, complexes, amino acids, sugars, nucleobases, reagents and solvents.
• Search by a part: ?ester lists the templates with an ester.
• A structure from its name, SMILES or InChI (names are looked up in PubChem).

Layout and 3D

• Redraw offers several clean drawings to choose from, of whole molecules or only a selected part.
• Turn in 3D: turn a molecule or a complex with the mouse and draw it as you see it, with wedges that keep its R/S, E/Z and Λ/Δ; the conformation drawn stays (an axial group axial), and a stick model shows the real shape with every hydrogen.
• Metal complexes are worked out by a force field: porphyrins flat, chelates where they belong, Λ and Δ named.
• Align, space evenly, a grid and a reaction scheme in one row.

Files

• Saves KET (Ketcher opens it too); exports molfile, SDF, SMILES, InChI and XYZ (3D), and SVG and PNG pictures.
• A picture into Word, PowerPoint and Google Docs with Ctrl+Shift+C; a link that carries the whole drawing.

Mechanismen

• Freie Elektronenpaare und ungepaarte Elektronen, aus der Chemie gezählt; ein Atom ohne Bindungen als Lewis-Symbol, mit bis zu vier ungepaarten Elektronen.
• Gebogene Pfeile und Halbpfeile, an Atome, Bindungen und Elektronenpaare gebunden; ein zwischen zwei Atome gezogener Halbpfeil bildet die neue Bindung (ein gebogener Pfeil ebenso, mit Umschalt), sodass Radikale wie im Lehrbuch rekombinieren. Wird die Zeichnung verschoben, wandern die Pfeile mit.
• p-, Hybrid- und s-Orbitale mit Phasen und Überlappungslinien, etwa HOMO und LUMO einer Diels-Alder-Reaktion.
• Grenzstrukturen, Übergangszustände, Klammern, Ladungen sowie δ+ und δ−; ein Gleichgewicht, das auf einer Seite liegt, ein durchgestrichener Pfeil für eine Reaktion, die nicht abläuft.

Konformationen

• Sesselformen, die ihre Stereochemie kennen: aus der Vorlage oder von Hand gezeichnet, wird ein Sessel als das Stereoisomer gelesen, das er zeigt.
• Ein flacher Ring oder eine Haworth-Projektion wird mit einem Klick zum Sessel, jede Gruppe axial oder äquatorial, wie ihr Keil es sagt; die Ringinversion macht daraus den anderen Sessel und zeichnet für ein Handout beide mit ⇌; Sessel drehen dreht ihn um ein Drittel, die Gruppen bleiben axial oder äquatorial.
• Newman-Projektionen sind echte Moleküle: eine E2-Eliminierung mit gebogenen Pfeilen direkt in der Projektion, der Diederwinkel im Panel einstellbar.

Chemie

• Summenformel, molare und exakte Masse, Elementaranalyse, HRMS-Ionen.
• R/S und E/Z, IUPAC-Nummerierung mit Begründung, SMILES, InChI und ein Link zu PubChem.
• Jedes Neuzeichnen, Umklappen und jede 3D-Ansicht prüft RDKit, sodass sich das Molekül und sein R/S nie unbemerkt ändern; verändert eine eigene Bearbeitung es, gibt es einen Hinweis, und das unpassende Atom wird markiert.

Zeichnen

• Bindungen einschließlich Keilen, gestrichelten Keilen, Wellenlinien, Koordinationsbindungen und Wasserstoffbrücken; Ketten und Ringe.
• Kürzel (Ph, Boc, OMe), die sich ausschreiben und wieder abkürzen lassen; Isotope (13C, D).
• Texte mit Formeln (H₂SO₄, Fe³⁺); Reaktions-, Gleichgewichts-, Mesomerie- und Retrosynthesepfeile mit Bedingungen und Reagenzien über und unter dem Pfeil.

Vorlagen und Strukturen aus Namen

• Ringe, funktionelle Gruppen, Sesselkonformationen, Newman-, Fischer- und Haworth-Projektionen, Komplexe, Aminosäuren, Zucker, Nukleobasen, Reagenzien und Lösungsmittel.
• Suche nach einem Teil: ?ester listet die Vorlagen mit einer Estergruppe.
• Strukturen aus Name, SMILES oder InChI (Namenssuche über PubChem).

Layout und 3D

• Neu zeichnen schlägt mehrere saubere Darstellungen vor, für ganze Moleküle oder nur einen ausgewählten Teil.
• In 3D drehen: Molekül oder Komplex mit der Maus drehen und so übernehmen, wie es zu sehen ist, mit Keilen, die R/S, E/Z und Λ/Δ erhalten; die gezeichnete Konformation bleibt (eine axiale Gruppe axial), und ein Stabmodell zeigt die wirkliche Gestalt mit allen H-Atomen.
• Metallkomplexe berechnet ein Kraftfeld: Porphyrine sind eben, Chelatliganden sitzen, wo sie hingehören, und Λ und Δ werden benannt.
• Ausrichten, gleichmäßig verteilen, Raster und Reaktionsschema in einer Reihe.

Dateien

• Speichert KET (auch in Ketcher lesbar); Export als Molfile, SDF, SMILES, InChI und XYZ (3D), Bilder als SVG und PNG.
• Bild nach Word, PowerPoint und Google Docs mit Strg+Umschalt+C; ein Link, der die ganze Zeichnung enthält.